El 23 de agosto de 1994 se solicita al Comandante de la Armada Nacional y a la vez al Ministerio de Defensa Nacional la destinación de una parte de las bodegas de SENAR y el lote adjunto para la construcción de la Capitanía de Puerto de Leguízamo, realizándose la entrega formal de los predios solicitados el 19 de enero de 1995 a la Dirección General Marítima. La antigua bodega fue remodelada y adaptada para el alojamiento del Capitán de Puerto y oficinas de la Capitanía de Puerto, el lote adjunto se adecuó para caseta de botes y plantas eléctricas. Las instalaciones fueron entregadas el 2 de febrero de 1996 y la Capitanía de Puerto de Leguízamo empieza a prestar servicio al público el 2 de mayo de ese mismo año, bajo el mando del Teniente de Fragata Juan Bautista Aldana Torres como Capitán de Puerto.

La Capitanía de Puerto Leguízamo fue inaugurada el 2 de agosto de 1996 y actualmente funciona como capitanía de segunda categoría, haciendo presencia en la frontera fluvial del río Putumayo y llevando un control de su tráfico fluvial.